Limite quant à l'assurance des résultats

Comme tout autre outil de gestion nouvellement développer dans une entreprise, le développement et l’implantation de la comptabilité analytique risque de s’avérer extrêmement long et coûteux dans un hôpital. En effet, quel que soit l’industrie dans lequel l’organisation opère, un tel outil peut être très complexe à implanter, ce qui est encore plus valable lorsque l’organisation est grande, notamment dû à la lourdeur administrative et le grand nombre des unités et départements. 

Par ailleurs, les résultats escomptés d’un tel système sont souvent difficiles à prévoir de façon réaliste, donc difficile à atteindre. Ce qui signifie donc qu’un tel processus d’implantation, malgré les efforts et les investissements déployés, ne garantit pas l’efficience du système de comptabilité analytique, ni la fiabilité des données récoltées.